Malgré les recherches intensives menées dans le monde entier, les causes de la Cystite Interstitielle restent encore un mystère. Les symptômes de l'urgence, de la fréquence et de la douleur sont bien documentés, mais malheureusement, ces mêmes symptômes peuvent être présents entièrement ou en partie dans d'autres maladies et conditions.

Les étiologies proposées sont les suivantes :

• Détérioration de la couche protectrice de la paroi vésicale la rendant perméable aux composants toxiques de l’urine. Cette altération de la couche de glycosaminoglycanes (GAGs) sur la surface externe de la vessie (qui peut engendrer des microfissures et de petites hémorragies appelées glomérulations) entraîne une augmentation de la perméabilité des tissus sous-jacents facilitant ainsi la pénétration de substances agressives présentes dans l'urine,

• Rôle pathogène des mastocytes dans le détrusor et / ou les couches de la muqueuse de la vessie,

• Infection par un agent inconnu et peu identifiable, c'est à dire un virus se développant lentement,

• Production d'une substance toxique dans les urines,

• Processus neuro-inflammatoire, c’est-à-dire une interaction complexe entre le système nerveux, et la paroi de la vessie,

• Dysfonctionnement du plancher pelvien ou miction dysfonctionnelle,

• Maladie auto-immune.